금융감독원과 한국은행은 금융기관에 대한 공동검사업무의 원활한 수행을 위하여 2002년 10월 4일 "금융기관검사에관한양해각서"를 체결하여 운영하고 있다.
- 양 기관간 공동검사는 '금융감독기구의설치등에관한법률' 제62조 및 '한국은행법' 제88조의 규정에 의한 것으로 한은은 통화신용정책 수행을 위해 금융통화위원회가 필요하다고 인정하는 경우 금감원에 공동검사를 요구할 수 있음.
- 이번 양해각서 개정은 그 동안 금융환경변화에 따른 사항과 관련 법률의 입법취지를 충실하게 반영하기 위한 것임. 금융경제상황의 변화 등으로 금감원의 검사계획에 포함되어 있지 않더라도 공동검사가 필요한 경우 한은이 요구하면 수시로 공동검사를 실시할 예정임. 양 기관의 검사범위 및 내용을 명확하게 하고, 검사자료의 중복징구 방지 및 상호 정보공유에 관한 사항 등을 보완하였음
- 예금보험공사와도 2003년 9월 4일부터 공동검사에 관한 양해각서를 체결하여 운영 중에 있음. 이는 '금융감독기구의설치등에관한법률' 제66조 및 '예금자보호법' 제21조의 규정에 의한 것으로, 예금보험공사는 예금자 등의 보호와 금융제도의 안정성유지를 위해 필요한 경우 예금보험위원회 의결을 거쳐 금감원에 공동검사를 요청할 수 있음. 예금보험공사와의 양해각서도 한은과 거의 동일한 형태로 보완하였음.